แมกนีเซียม เป็นธาตุอาหารที่จำเป็นมากในส้มโดยเฉพาะ ส้มโชกุน และสายน้ำผึ้ง เป็นธาตุที่ชี้ขาดทางด้านคุณภาพของผลส้มเลยก็ว่าได้ ธาตุแมกนีเซียมเป็นสิ่งจำเป็นของส้มทุก ๆ ส่วน ทั้งราก ต้น ใบ และผล เพราะแมกนีเซียมเป็นธาตุที่อยู่ในโครงสร้างของเม็ดสีทุกชนิดในส้มอยู่ที่ใบ อยู่ที่เนื้อ อยู่ที่เปลือกและน้ำผลส้มรวมทั้งเป็นธาตุที่จำเป็นต่อระบบการหายใจของรากเป็นเม็ดสีของโครงสร้างการสังเคราะห์แสง ธาตุอาหารหลัก ทั้งไนโตรเจน ฟอสฟอรัส และโปแตสเซี่ยมจำเป็นต้องใช้แมกนีเซียมไปร่วมในหลายๆ องค์ประกอบจึงเห็นได้ว่าแมกนีเซียมมีความจำเป็อย่างมากส้มจะทิ้งใบเร็วเกินไปบางทีรุนแรงมากส้มจะแสดงอาการใบเหลือง และม้วนห่อทั้งต้นซึ่งมักจะเกิดมากในช่วงที่ส้มใกล้สุกสามารถเริ่มเก็บเกี่ยวได้หรือบางครั้งระยะแรกของการสุกแก่ของส้มไม่พร้อมกัน ส่วนผลส้มหลัง ๆ ก็จะเกิดอาการขาดธาตุแมกนีเซียม เช่น ผลนิ่ม ไม่เข้าสี จืดไม่หวาน รสเปรี้ยว และมักจะพบปัญหาลูกโซ่ตามมาหลายอย่าง คือ แมกนีเซียมส่วนมากจะอยู่ในสารละลายของเซลล์ อีกส่วนจะอยู่ในโครงสร้างการสังเคราะห์แสง เมื่อมีฝนตกมากการสะสมของไนโตรเจนก็มาก แมกนีเซียมอิสระในสารละลายลดต่ำลงมาก ทำให้เกิดความไม่สมดุลของธาตุอาหาร ใบมีการสังเคราะห์แสงน้อยลง เพราะมีความเข้มของแสงต่ำจึงมีอาหารไปเลี้ยงรากไม่พอ รากขาดอาหารและตายมาก
การดูดซึมธาตุแมกนีเซียมมาชดเชยก็ยิ่งน้อยไปอีกหากดินยิ่งเป็นกรดมากก็ยิ่งขาดมากและความจำเป็นที่จะให้ธาตุแมกนีเซียมในการสร้างเม็ดสีส้มที่ผลก็จะมากขึ้น การขาดธาตุจะทวีความรุนแรงจนบางทีการเปลี่ยนสีขณะสุกของส้ม จะดึงมาจากโครงสร้างการสังเคราะห์แสงจนทำให้เกิดอาการใบร่วงมากตามมาด้วย เมื่อใบร่วงมากรากก็จะขาดอาหารมากไปกว่าเดิมอีก อาการต้นทรุดโทรมก็จะปรากฎชัดเจน ผลร่วงแสดงอาการขั้วเหลือง ก้นเหลือง แสดงอาการขาดแคลเซียมร่วมด้วยชัดเจน

แมกนีเซียมส่งเสริมการดูดซึมธาตุมากขึ้น ได้แก่ ฟอสฟอรัส
แมกนีเซียมต่อต้านการดูดซึมธาตุลดลง ได้แก่ โปแตสเซียม

แมกนีเซียมที่นิยมใช้กับต้นได้แก่ แมกนีเซียมซัลเฟต, แมกนีเซียมไนเตรท, แมกนีเซียมในรูปไมโครเมททางดิน ทางใบ แมกนีเซียมซัลเฟอร์ในรูป คีเลท (โมสาทแม็ก) การให้แมกนีเซียมทางใบควรให้ในรูปของแมกนีเซียมซัลเฟอร์ในรูปน้ำคีเลท (โมสาทแม็ก) เพราะเป็นการให้แมกนีเซียมอย่างถูกวิธีและมีประโยชน์ เนื่องจากต้นส้มมักต้องการแมกนีเซียมไปใช้รักษาสมดุลของไนโตร-เจน หากให้แมกนีเซียมไนเตรทจะไม่เกิดประโยชน์จากแมกนีเซียมอย่างเพียงพอเพราะไนโตรเจนมักเกินกว่าแมกนีเซียมในต้นจะรับมือไหวอยู่แล้ว ส่วนการให้แมกนีเซียมทางดิน จะให้ในการฟื้นตัวสร้างความแข็งแรงของรากและใบอ่อนใหม่ ส่วนการเร่งสี เร่งสุก นั้นจำเป็นต้องใช้แมกนีเซียมอย่างมากอีกครั้งเพราะต้องใช้แมกนีเซียมจำนวนมาก ประกอบกับถูกปุ๋ยโปแตสเซียม กดการดูดซึมเข้าสู่ระบบราก และแสดงอาหารขาดธาตุอย่างรุนแรงอย่างปัจจุบันทันทีในระยะนี้มาก ส้มก็จะมีใบร่วงและผลร่วงมากจนน่าตกใจ จึงแนะนำให้ใส่ ไมโครเมทไม้ผล ทางดิน 0.5 กก. ต่อต้น ในระยะฟื้นต้นและระยะเร่งสีเร่งสุกพร้อมกับการให้ปุ๋ยโธมัสคาลี